Sul territorio del PLIS sono state censite complessivamente nove specie di rettili, che appartengono a tipologie comuni della fascia alpino-insubrica.
Tra queste si segnala la lucertola muraiola (Podarcis muralis), diffusa in tutta la valle, che, in prossimità del lago, è rinvenibile presso il canneto ed il cariceto. Il ramarro occidentale (Lacerta bilineata) risiede invece nei cespugli e nei margini boschivi attorno ai laghi di Endine e di Gaiano.
Ubiquitario in tutta la valle risulta anche l’orbettino (Anguis fragilis), una lucertola serpentiforme che vive prevalentemente nei cariceti e nelle zone di canneto tagliate. 

Esemplare di ramarro occidentale	Esemplare di orbettino (Foto Regione Lombardia)

Tra i serpenti si distinguono il biacco (Hierophis viridiflavus) in prossimità di incolti, il colubro liscio (Coronella austriaca) e la natrice dal collare (Natrix natrix), relativamente comune lungo le rive del lago e principale predatore di anfibi tra cui il Bufo Bufo.

Esemplare di biacco (Foto Regione Lombardia)	Esemplare di colubro liscio (Foto Regione Lombardia)

Il saettone (Elaphe longissima) è diffuso prevalentemente in ambienti boschivi dove sopravvive cibandosi di roditori e uccelli, mentre la biscia tassellata (Natrix tassellata), il rettile più comune nel territorio del PLIS, risiede in particolare lungo le rive del lago, essendo l’ofide maggiormente adattato all vita acquatica.

Esemplare di natrice dal collare (Foto Regione Lombardia)	Esemplare di saettone (Foto Regione Lombardia)

Da segnalare infine la vipera comune (Vipera aspis), osservata prevalentemente sui rilievi circostanti il lago.

Esemplare di vipera comune (Foto Regione Lombardia)